НИЛ моделирования креативного образования (заведующая лабораторией доктор педагогических наук, профессор В. Г. Рындак). Деятельность лаборатории направлена на разработку психолого-педагогических механизмов обеспечения креативного образования и путей формирования в нем креативной личности. Акцент сделан на творческом и созидательном партнерстве обучаемых и обучающихся, основан на демократических ценностях и свободе, обеспечивающих креативный результат.
НИЛ творческого развития личности (заведующая лабораторией, доктор педагогических наук, профессор А.В.Москвина) направлена на комплексное исследование современных общественно-исторических условий творческого развития личности в системе непрерывного образования, изучение сущности творческого развития личности в образовательном процессе, разработка концепций творческого развития учащихся гимназий и общеобразовательных школ.
  НИЛ воспитания духовной культуры личности (заведующая лабораторией, доктор педагогических наук, профессор Т.Г. Русакова). Деятельность лаборатории заключается в разработке теоретических основ формирования духовной культуры личности в системе непрерывного образования и их внедрении в практику образовательного процесса Оренбургского региона.
НИЛ социально-педагогического менеджмента и маркетинга (заведующая лабораторией, доктор педагогических наук, профессор Е.А. Ганаева) нацелена на теоретическое обоснование и практическое применение концепции педагогического менеджмента и маркетинга посредством формирования и развития менеджментного мышления и маркетинговых ориентации руководителей и учителей образовательных учреждений; выработку алгоритмов изучения и «выращивания» спроса потребителей образовательных учреждений; проведение маркетинговых исследований.
НИЛ культуры педагогической деятельности (заведующая лабораторией, доктор педагогических наук, профессор Л.Б. Соколова). Деятельность лаборатории осуществляется в соответствии с решением проблемы модернизации образования в аспекте совершенствования профессиональной подготовки учителя, разработке теоретических основ культуры педагогической деятельности и поиске педагогических средств обеспечения результативности этого процесса в регионально-муниципальной системе образования.
НИЛ социально-педагогических проблем региональной семейной политики (доктор педагогических наук, доцент И. В. Власюк). Деятельность лаборатории направлена на комплексное исследование общественно-исторических условий социально-педагогического проектирования региональной семейной политики, изучение сущности социально-педагогического проектирования региональной семейной политики в образовательном процессе, разработке концепций социально-педагогического проектирования региональной семейной политики.
НИЛ «Сельская школа» (заведующая лабораторией кандидат педагогических наук, доцент Л. М. Цыганкова).
Изучение проблем сельской школы как социокультурного феномена; исторических аспектов развития сельской школы, генезиса сельской школы Оренбуржья; обоснование возможности использования социокультурного пространства в создании интегративных образовательных моделей: «школа - детский сад», «школа - сельский клуб», «школа - филиал ПТУ», «школа -хозяйство», «школа с группами продленного дня по месту жительства».
НИЛ этнокультурного воспитания в полиэтническом социуме (доктор педагогических наук, профессор М. Б. Насырова). Цель: комплексное исследование современных социокультурных условий развития личности и педагогического процесса в контексте поликультурного воспитания.